复旦大学附属肿瘤医院乏氧临床试验项目（食管样本单细胞测序）院内需求论证

项目名称：乏氧临床试验项目（食管样本单细胞测序） -WXSQD202311090003

预算： 256 万（以正式公告为准）

预期用途： 食管样本单细胞 V(D)J 测序

一、 产品清单

二、技术参数

1. 行业内专业技术服务资质：

（一）具有ISO90001的资质证书。

2. 技术服务参数：

（一）细胞悬液要求、平台要求、测序需求和数据质控要求及验收标准：

1 、细胞悬液要求：细胞活性≥85%，细胞浓度为700-1200cells/ul，结团率 ≤ 10% ，有核率≥70%。

2 、平台要求：支持利用荧光计数法和台盼蓝染色法两种方式同时进行细胞计数；要求利用10x Genomics平台及官方配套试剂完成样本捕获并构建文库。

3 、测序需求：***平台进行PE150测序；测序质量要求：文库质检合格后，每个转录组文库测序数据量≥100G，TCR文库测序数据量≥15G；测序Q30≥85%，无GC分离；测序饱和度≥80%，否则加测数据量直至80%为止。

4 、数据验收标准：交付所有测序原始数据以及cleandata记录报告及结果；

（1） 要求达到以下分析内容：数据质控、数据统计、单样本 t-SNE 分型、marker 基因展示、转录因子注释、***网络、样本间相关性分析、多样本 t-SNE 分型分析、多样本拟时分析、marker 基因聚类分析、基因共表达分析热图、差异基因分析及差异基因通路富集分析，KEGG、GO、GSEA，并包含线粒体基因过滤、死细胞和多细胞过滤、批次效应去除等质量控制手段；样本间基因差异分析；目标细胞群体亚聚类；细胞互作；基因互作；***网络分析；鉴定稀有细胞亚群，加强细胞注释准确度；免疫细胞Clonotype分型，CDR3（TRA\TRB\V基因\J基因）丰度分析。

（2）数据保留时间：原始测序数据、分析结果等数据至少可保留3年。

（3）单细胞培训要求：在服务周期内提供至少2次专门的单细胞技术培训，内容涉及但不限于：组织样本解离实操；上机标记实操；建库实操；R语言培训；协助搭建单细胞分析pipeline；常用单细胞绘图软件操作培训。费用包含在本项目报价内。

（二）其他要求：

1 、具备相应10xGenomics仪器试剂及技术人员、流式细胞仪；

2 、***平台，单细胞marker基因自建数据库；

3 、可对数据进行高级分析和定制化分析；对10XGenomics单细胞数据分析需根据实验设计、数据结果进行参数优化，基于采购人的研究需求提供可行的分析方法并且执行数据分析和挖掘，在对于探索性的生物学问题可以对数据多次分析，尝试不同的软件方法，调试不同的参数对数据进行分析和挖掘；

4 、配备专门的10xGenomics技术团队负责，在各个分析节点与采购人及时沟通，做到24h反馈机制，定期反馈项目进展、分析进展；可以通过即时沟通的方式做到及时反馈；

5 、需提供10XGenomics单细***平台，采购人可以按照自己需求审美自行操作调整参数绘制图形；

（三）采购人负责本项目合格样本及信息采集，授权中标人使用采购人提供的样本及样本信息用于本研究项目。

3. 交付期限：

样本到位后 1 个自然月内完成。

4. 交付形式：

乙方向甲方提交项目结题报告，说明项目完成情况；测序过程中产生的序列文件*.fq（或*.fa）和相关生物信息分析结果文件。云平台，邮件和硬盘传输。

三、 绩效参数

1、 使用方满意度≥90%

2、 原始数据交付率100%

如有意者请于 2024.01.05.17:00 之前与后勤服务科取得联系 联系人：袁鹤鸣。联系电话： 180****7242

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